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La métagénomique clinique (MgC) est définie comme le séquençage des acides nucléiques d’un échantillon biologique en vue d’obtenir des informations d’importance clinique comme l’identification de microorganismes pathogènes et la prédiction de leur sensibilité aux antimicrobiens. La MgC s’est développée ces dernières années parallèlement à la mise à disposition dans les laboratoires de séquenceurs de nouvelle génération (next-generation sequencing ou NGS). Leur puissance de séquençage de l’ADN permet en théorie d’obtenir toutes les informations relatives à la présence de microorganismes dans les échantillons biologiques sans a priori et biais. Toutefois, de nombreux obstacles doivent être surmontés avant l’utilisation de la MgC dans les laboratoires de diagnostic de routine, comme la préparation des échantillons, l’existence de bases de données de connaissances propres et le traitement bioinformatique des informations, le coût analytique encore élevé et l’interprétation des résultats. En effet, les nombreuses études descriptives fondées sur la MgC montrent qu’elle permet d’identifier des microorganismes qui ne sont pas détectés par les méthodes conventionnelles, sans que l’on soit aujourd’hui capable de statuer sur leur réel pouvoir pathogène. La MgC est ainsi une nouvelle approche diagnostique des maladies infectieuses, en plein développement, et certainement l’une des plus prometteuses pour les prochaines années.