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Comme beaucoup d’autres virus à ARN, le coronavirus SARS-CoV-2 évolue par de multiples mutations au cours du temps. Ces mutations sont liées à des erreurs de lecture de l’ARN polymérase virale. La plupart sont silencieuses, c’est-à-dire qu’elles ne modifient pas ou peu la séquence peptidique des protéines et n’ont aucune conséquence virale. Cependant, certains mutants, surnommés « variants of concern », peuvent changer la structure tridimensionnelle de protéines impliquées dans la contagiosité ou la pathogénicité des virus. Cela concerne notamment de la protéine S (Spike) qui, en interagissant avec le récepteur cellulaire ACE2, permet la pénétration du virus dans les cellules. C’est une cible privilégiée du système immunitaire, à l’origine de la protection par les anticorps neutralisants et la réponse cellulaire « T-dépendante ». Tous les vaccins actuels reposent sur une immunité dirigée contre la protéine Spike. L’émergence de nombreux mutants affectant en particulier le domaine RBD de la protéine S, qui reconnaît le récepteur ACE2, fait peser une menace sur l’avenir de la pandémie de Covid-19. En effet, certains sont plus contagieux et seraient parfois plus virulents. De plus, ils pourraient échapper au système immunitaire, remettant en cause l’efficacité des vaccins. Les mutants pourraient être à l’origine de vagues itératives, menant éventuellement à une endémicité saisonnière. L’avenir de la pandémie de Covid-19 dépend de la capacité de ces mutants à s’adapter à l’espèce humaine qui lui oppose une immunité collective grâce à la vaccination.