A cold case: non-replicative recombination in positive-strand RNA viruses
Kain, Alice Mac
A cold case: non-replicative recombination in positive-strand RNA viruses - 2021.
75
Résumé La recombinaison génétique est un moteur important de l’évolution de certaines espèces de virus à ARN de polarité positive. Les évènements de recombinaison se produisent lorsqu’au moins deux virus infectent simultanément la même cellule ; ils donnent naissance à des génomes originaux constitués de séquences génétiques provenant des génomes parentaux. Le mécanisme principal de la recombinaison implique la polymérase virale qui génère une copie chimérique lorsqu’elle change de matrice lors de la synthèse d’un génome viral. Différents modèles expérimentaux suggèrent l’existence d’évènements de recombinaison indépendants de l’activité de la polymérase virale. L’origine de ces évènements et leur fréquence restent à ce jour indéterminées. De même, on ne sait pas si la recombinaison non réplicative engendre des produits qui diffèrent des recombinants générés par la polymérase virale. Si c’est le cas, la recombinaison non réplicative pourrait jouer un rôle spécifique dans l’évolution des virus à ARN de polarité positive. Enfin, les rares données disponibles suggèrent que la recombinaison non réplicative ne nécessiterait pas de séquence d’origine spécifiquement virale. Il est ainsi possible que la recombinaison non réplicative observée dans des modèles d’étude basés sur des ARN viraux nous révèle en fait un mécanisme plus général non spécifique des génomes viraux. Genetic recombination is a major force driving the evolution of some species of positive sense RNA viruses. Recombination events occur when at least two viruses simultaneously infect the same cell, thereby giving rise to new genomes comprised of genetic sequences originating from the parental genomes. The main mechanism by which recombination occurs involves the viral polymerase that generates a chimera as it switches templates during viral replication. Various experimental systems have alluded to the existence of recombination events that are independent of viral polymerase activity. The origins and the frequency of such events remain to be elucidated to this day. Furthermore, it is not known whether non-replicative recombination yields products that are different from recombinants generated by the viral polymerase. If this is the case, then non-replicative recombination may play a unique role in the evolution of positive sense RNA viruses. Finally, the sparse data available suggest that non-replicative recombination does not necessarily involve only virus-specific sequences. It is thus possible that the non-replicative recombination observed in virus-focused studies may in fact reveal a more generalized mechanism that is non-specific to virus RNAs.
A cold case: non-replicative recombination in positive-strand RNA viruses - 2021.
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Résumé La recombinaison génétique est un moteur important de l’évolution de certaines espèces de virus à ARN de polarité positive. Les évènements de recombinaison se produisent lorsqu’au moins deux virus infectent simultanément la même cellule ; ils donnent naissance à des génomes originaux constitués de séquences génétiques provenant des génomes parentaux. Le mécanisme principal de la recombinaison implique la polymérase virale qui génère une copie chimérique lorsqu’elle change de matrice lors de la synthèse d’un génome viral. Différents modèles expérimentaux suggèrent l’existence d’évènements de recombinaison indépendants de l’activité de la polymérase virale. L’origine de ces évènements et leur fréquence restent à ce jour indéterminées. De même, on ne sait pas si la recombinaison non réplicative engendre des produits qui diffèrent des recombinants générés par la polymérase virale. Si c’est le cas, la recombinaison non réplicative pourrait jouer un rôle spécifique dans l’évolution des virus à ARN de polarité positive. Enfin, les rares données disponibles suggèrent que la recombinaison non réplicative ne nécessiterait pas de séquence d’origine spécifiquement virale. Il est ainsi possible que la recombinaison non réplicative observée dans des modèles d’étude basés sur des ARN viraux nous révèle en fait un mécanisme plus général non spécifique des génomes viraux. Genetic recombination is a major force driving the evolution of some species of positive sense RNA viruses. Recombination events occur when at least two viruses simultaneously infect the same cell, thereby giving rise to new genomes comprised of genetic sequences originating from the parental genomes. The main mechanism by which recombination occurs involves the viral polymerase that generates a chimera as it switches templates during viral replication. Various experimental systems have alluded to the existence of recombination events that are independent of viral polymerase activity. The origins and the frequency of such events remain to be elucidated to this day. Furthermore, it is not known whether non-replicative recombination yields products that are different from recombinants generated by the viral polymerase. If this is the case, then non-replicative recombination may play a unique role in the evolution of positive sense RNA viruses. Finally, the sparse data available suggest that non-replicative recombination does not necessarily involve only virus-specific sequences. It is thus possible that the non-replicative recombination observed in virus-focused studies may in fact reveal a more generalized mechanism that is non-specific to virus RNAs.
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