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La directive cadre européenne sur l’eau (DCE) a donné une impulsion forte à la politique française menée en matière de bio-indication. Le bon état écologique des masses d’eau est devenu l’un des indicateurs majeurs de pilotage et d’évaluation de la politique de l’eau. Cet article présente les points de vue de deux responsables du ministère en charge de l’environnement sur le défi que représente la mise en œuvre des outils de la DCE en France, lors d’une phase particulièrement active pour le développement des méthodes et l’appui aux politiques publiques. Il a notamment fallu organiser les avancées et questions scientifiques et réglementaires, en une politique publique la plus cohérente et efficace possible pour les objectifs de préservation et de reconquête de la qualité écologique des milieux aquatiques.