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La biologie travaille sur des particuliers. De par son historicité, chaque entité biologique est unique. Nous devons pourtant les regrouper pour parvenir à en parler de manière générale. Nos classifications sont destinées à communiquer nos concepts, et ce faisant elles reflètent une intention. Comme nous sommes en science, nous préférons les procédures de regroupement (agglomératives) aux procédures de division, lesquelles finissent toujours par isoler les particuliers. En systématique, science des classifications, la géométrie de nos concepts est celle d’une hiérarchie par emboîtement, du plus général au plus particulier, plutôt qu’une hiérarchie par empilement (comme dans le cas de la scala naturae), parce que les premières pratiquent l’inclusion tandis que les secondes pratiquent l’inclusion et l’exclusion. Les êtres biologiques sont traversés par une foule de ressemblances différentes, et la ressemblance globale, à vouloir les saisir toutes, n’en saisit rigoureusement aucune. Elle ne se distingue pas de la différence globale. Or, nous voulons travailler sur les partages, pas sur les différences, lesquelles finissent par isoler les entités. Ces partages, ce sont des attributs communs ou des propriétés partagées : c’est la ressemblance vue en mosaïque (qui donnera lieu à un mosaïcisme phylogénétique). Mais quel type de ressemblance est pris en compte ? La ressemblance topologique est prioritaire (principe des connections), vient ensuite la ressemblance de forme et celle du processus de genèse (ou de mise en place : ontogénèse). La ressemblance de fonction est trop trompeuse pour être prise en compte. Mais trompeuse au regard de quel but ? Nous classons pour parler des origines de ce qui existe. La classification moderne des êtres vivants reflète leur généalogie passée, ou du moins ce que nous pouvons en reconstruire indirectement (la phylogénie). Et pour cela, la ressemblance topologique est la plus efficace.

Biology works on particular subjects. Because of its historicity, each biological entity is unique. Yet we need to bring them together to be able to talk about them in a general way. Our classifications are to communicate our concepts, and thus they reflect an intention. As we are in science, we prefer grouping (aka agglomerative) procedures to division procedures, which always end up isolating individuals. In systematics, the science of classifications, the geometry of our concepts is that of a hierarchy by nesting, from the most general to the most particular, rather than a stacking hierarchy (as in the case of scala naturae), because nesting is an inclusive practice while scaling is both inclusive and exclusive. Biological entities are crisscrossed by a host of different resemblances, and the overall resemblance, in trying to capture them all, does not capture any of them. It is indistinguishable from global difference. Yet we want to work on shared traits, not on differences, which wind up isolating entities. These shared traits are common attributes or shared properties. This is resemblance seen as a mosaic (which will lead to a phylogenetic mosaicism). Among the various types of resemblance, which is the one we choose? Topological resemblance, defined by the principle of connection, is the priority. Then come resemblance in forms and resemblance in developing processes (ontogeny). Functional resemblance is too misleading for consideration, with regards to our goals, since we classify in order to reflect common origins of entities. Modern classification of living things reflects their past genealogy, at least what we can reconstruct from it (phylogeny) based on our best inferences. For that purpose, topological resemblance is the most efficient.