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Despite advances in the physiopathological understanding of kidney transplantation immunology, kidney transplant rejection remains the leading cause of allograft loss. The current gold standard for diagnosing rejection is histological assessment of kidney transplant biopsies. Biopsy-based transcriptomics have been the subject of numerous studies, enabling the analysis of hundreds of transcripts expressed in biopsy samples. These tools allow for the identification of new pathophysiological pathways, providing a better understanding of rejection and potentially revealing therapeutic targets. Biopsy-based transcriptomics may also improve the diagnosis of rejection, in particular antibody-mediated rejection. However, the use of these tools in routine practice is limited due to restricted availability, the challenge of interpreting data from hundreds of transcripts without clear guidelines, and their cost. In addition, due to the limited accessibility of molecular tools, their exact impact on patient management has not yet been determined. This update provides an overview of biopsy-based transcriptomics in 2025, focusing on the limitations of current diagnostic methods for rejection, the molecular biology tools available, and their use in clinical practice.

La principale cause de perte de greffon rénal reste le rejet, en particulier le rejet humoral. Le gold standard actuel pour le diagnostic du rejet est la ponction-biopsie du greffon avec analyse histologique du tissu rénal. Depuis quelques années, des outils de biologie moléculaire appliqués au greffon rénal sont disponibles, permettant d’évaluer des centaines de transcrits exprimés dans le tissu de biopsie. Ces outils donnent la possibilité de décrire de nouvelles voies physiopathologiques permettant de mieux comprendre le rejet et potentiellement d’identifier des cibles thérapeutiques. La transcriptomique pourrait aussi améliorer le diagnostic du rejet, en particulier le rejet humoral. Néanmoins, l’utilisation en pratique courante de tels outils est restreinte du fait de leur faible disponibilité sur le territoire, des difficultés à interpréter les données produites et de leur coût. De plus, du fait de cette sous-utilisation en pratique clinique, leur impact exact dans la prise en charge des patients n’est pas déterminé. Cette mise au point propose une synthèse sur le diagnostic moléculaire appliqué aux biopsies de greffons rénaux en 2025 en s’intéressant aux limites des méthodes diagnostiques actuelles du rejet, aux outils de biologie moléculaire disponibles et à leur utilisation en pratique clinique.