Étudier l'Ordre et Malte à cette période, c'est voir l'extraordinaire transformation d'un ordre monastique et chevaleresque en une principauté au cœur de la Méditerranée, enjeu diplomatique entre des puissances aussi diverses que la France, l'Espagne, le royaume de Naples, le Saint-Empire et la Russie; c'est voir, résumé en un infime point de la carte européenne, toutes les luttes entre ces puissances, mais aussi tous les combats intellectuels qui animaient alors les sociétés, les Etats et l'Eglise; c'est voir aussi la transformation d'un îlot stérile en un entrepôt essentiel pour le commerce européen, et principalement marseillais. De cette double évolution naquit ce qui allait être fatal à l'Ordre : organisation obsolète dans un monde de plus en plus laïcisé, il gênait autant les Etats que les Maltais soucieux de commercer librement en Méditerranée.