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John Stuart Mill examine dans le dernier des Trois Essais sur la religion l’argument du Dessein. Ce faisant, il l’évalue selon les normes épistémiques définies dans le Système de logique en dressant un parallèle avec l’hypothèse présentée par Darwin dans L’Origine des espèces. Pour comprendre le verdict nuancé rendu par Mill, il faut faire intervenir trois niveaux d’analyse : la relation entre méthode inductive et méthode hypothétique (théorie de la connaissance), le choix du phénoménalisme qui limite l’engagement naturaliste (métaphysique), la question de l’espoir raisonnable (philosophie morale). La philosophie de la religion engage ainsi l’unité de la philosophie de Mill.