Image de Google Jackets
Vue normale Vue MARC vue ISBD

Étude in silico d’une mutation : application à la mutation fonctionnelle G12D du gène KRAS, retrouvée dans les cancers bronchiques non à petites cellules

Par : Contributeur(s) : Type de matériel : TexteTexteLangue : français Détails de publication : 2019. Sujet(s) : Ressources en ligne : Abrégé : La biologie a connu un essor fulgurant durant le XXe siècle et a été profondément bouleversée au cours de la dernière décennie par le passage à l’ère post-génomique, la généralisation de la biologie à haut débit et l’avènement d’une discipline relativement jeune, la bioinformatique. Cette dernière, qui englobe la collecte, l’organisation et l’analyse de données biologiques au moyen d’outils informatiques, est rapidement devenue indissociable des études relatives à la compréhension du génome. Les différentes mutations qui peuvent affecter nos gènes sont responsables d’un changement de la séquence protéique et sont susceptibles d’affecter par exemple la stabilité de la protéine, son adressage intracellulaire, sa maturation, son assemblage dans une structure multimérique, les sites essentiels à son activité enzymatique ou à l’interaction avec des ligands. Ainsi, un certain nombre de développements bioinformatiques ont permis de mettre en place des outils de prédiction in silico de la structure d’une protéine et de l’impact des mutations sur la structure des protéines. Dans notre étude, nous avons exploré in silico trois logiciels analytiques de prédiction et de modélisation, en choisissant comme modèle d’étude la mutation G12D qui affecte l’oncogène KRAS (V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog), retrouvée fréquemment chez les patients atteints de cancers broncho-pulmonaires non à petites cellules originaires de l’ouest algérien. Ce travail nous a permis d’intégrer ces outils bioinformatiques au sein de notre laboratoire de biologie du développement et de la différenciation de l’université Oran 1 Ahmed Benbella, en Algérie. Ainsi, nous avons pu conclure que, même si la mutation trouvée est donnée comme tolérée et sans effet délétère sur la protéine Ras entière, la conséquence de cette mutation faux-sens dépend principalement de la position de l’acide aminé muté dans la protéine et de ses propriétés chimiques. En effet, la protéine Ras mutée montre une forte affinité avec la molécule GTP.Abrégé : Biology flourished during the XXth century and was profoundly disrupted during the last decade because of the transition to the post-genomic era, the spread of high-throughput biology, and the advent of a relatively new discipline, namely bioinformatics. This latter, which encompasses the collection, organization and analysis of biological data using the computer tool, has quickly become inseparable from the studies related to the genome understanding. The consequences of the different mutations that may affect our genes are responsible for a change in the protein sequence and are likely to affect, for example, the stability of the protein, its intracellular targeting, its maturation, its assembly in a multimeric structure, the essential sites for its enzymatic activity or for the interaction with ligands. Thus, a number of bioinformatic developments have made it possible to set up in silico prediction tools of the structure of a protein that is aiming at predicting the impact of local mutations on the structure of proteins. Throughout our study, we have been interested in exploring, through in silico bioinformatic study, three analytical, prediction and modeling, software, choosing as exemple the G12D mutation that affects the proto-oncogene KRAS found in numerous algerian patients with bronchopulmonary cancers cells (NSCLC). This study allowed us to integrate these bioinformatic tools into our laboratory of developmental biology and LBDD differentiation at the University of Oran 1 Ahmed Benbella, in Algeria. Thus, we have been able to conclude, even if the found mutation is predicted to be tolerated and has no deleterious effect on the entire Ras protein, that the consequence of this missense mutation depends mainly on the position in the protein and the chemical properties of the amino acid involved in the substitution and which shows a strong affinity with the GTP molecule.
Tags de cette bibliothèque : Pas de tags pour ce titre. Connectez-vous pour ajouter des tags.
Evaluations
    Classement moyen : 0.0 (0 votes)
Nous n'avons pas d'exemplaire de ce document

40

La biologie a connu un essor fulgurant durant le XXe siècle et a été profondément bouleversée au cours de la dernière décennie par le passage à l’ère post-génomique, la généralisation de la biologie à haut débit et l’avènement d’une discipline relativement jeune, la bioinformatique. Cette dernière, qui englobe la collecte, l’organisation et l’analyse de données biologiques au moyen d’outils informatiques, est rapidement devenue indissociable des études relatives à la compréhension du génome. Les différentes mutations qui peuvent affecter nos gènes sont responsables d’un changement de la séquence protéique et sont susceptibles d’affecter par exemple la stabilité de la protéine, son adressage intracellulaire, sa maturation, son assemblage dans une structure multimérique, les sites essentiels à son activité enzymatique ou à l’interaction avec des ligands. Ainsi, un certain nombre de développements bioinformatiques ont permis de mettre en place des outils de prédiction in silico de la structure d’une protéine et de l’impact des mutations sur la structure des protéines. Dans notre étude, nous avons exploré in silico trois logiciels analytiques de prédiction et de modélisation, en choisissant comme modèle d’étude la mutation G12D qui affecte l’oncogène KRAS (V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog), retrouvée fréquemment chez les patients atteints de cancers broncho-pulmonaires non à petites cellules originaires de l’ouest algérien. Ce travail nous a permis d’intégrer ces outils bioinformatiques au sein de notre laboratoire de biologie du développement et de la différenciation de l’université Oran 1 Ahmed Benbella, en Algérie. Ainsi, nous avons pu conclure que, même si la mutation trouvée est donnée comme tolérée et sans effet délétère sur la protéine Ras entière, la conséquence de cette mutation faux-sens dépend principalement de la position de l’acide aminé muté dans la protéine et de ses propriétés chimiques. En effet, la protéine Ras mutée montre une forte affinité avec la molécule GTP.

Biology flourished during the XXth century and was profoundly disrupted during the last decade because of the transition to the post-genomic era, the spread of high-throughput biology, and the advent of a relatively new discipline, namely bioinformatics. This latter, which encompasses the collection, organization and analysis of biological data using the computer tool, has quickly become inseparable from the studies related to the genome understanding. The consequences of the different mutations that may affect our genes are responsible for a change in the protein sequence and are likely to affect, for example, the stability of the protein, its intracellular targeting, its maturation, its assembly in a multimeric structure, the essential sites for its enzymatic activity or for the interaction with ligands. Thus, a number of bioinformatic developments have made it possible to set up in silico prediction tools of the structure of a protein that is aiming at predicting the impact of local mutations on the structure of proteins. Throughout our study, we have been interested in exploring, through in silico bioinformatic study, three analytical, prediction and modeling, software, choosing as exemple the G12D mutation that affects the proto-oncogene KRAS found in numerous algerian patients with bronchopulmonary cancers cells (NSCLC). This study allowed us to integrate these bioinformatic tools into our laboratory of developmental biology and LBDD differentiation at the University of Oran 1 Ahmed Benbella, in Algeria. Thus, we have been able to conclude, even if the found mutation is predicted to be tolerated and has no deleterious effect on the entire Ras protein, that the consequence of this missense mutation depends mainly on the position in the protein and the chemical properties of the amino acid involved in the substitution and which shows a strong affinity with the GTP molecule.

PLUDOC

PLUDOC est la plateforme unique et centralisée de gestion des bibliothèques physiques et numériques de Guinée administré par le CEDUST. Elle est la plus grande base de données de ressources documentaires pour les Étudiants, Enseignants chercheurs et Chercheurs de Guinée.

Adresse

627 919 101/664 919 101

25 boulevard du commerce
Kaloum, Conakry, Guinée

Réseaux sociaux

Powered by Netsen Group @ 2025