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Le thème de la Contre-Réforme a été l’un les plus débattus par l’historiographie européenne de la seconde moitié du xxe siècle. Les historiens ont cherché à démontrer comment l’Église Romaine, grâce à la Contre-Réforme, réussit à surmonter la crise profonde du début du xvie siècle, en proposant, entre autres, un nouveau modèle de chrétien, orthodoxe, éduqué, purifié et plus attentif à la mission évangélique. L’article vise à déconstruire partiellement cette thèse, en discutant une documentation largement inédite de la Congrégation du Saint-Office. Le cas proposé est celui de l’Inquisition de Malte, peu étudiée alors même qu’elle était l’une des plus importantes de l’époque. L’analyse des documents montre comment les inquisiteurs, en accord avec la Congrégation, cherchaient surtout à protéger leurs collaborateurs (qui étaient souvent des criminels) plutôt que de promouvoir l’orthodoxie, l’orthopraxie ou la morale des individus. Garantir aux employés du tribunal de larges privilèges fiscaux, judiciaires, militaires, politiques et spirituels, était le seul moyen par lequel le Saint-Office parvenait à disposer d’un personnel nombreux, bien que cela se faisait au détriment de l’autorité des institutions civiles et religieuses. Paradoxalement, et comme l’exemple de Malte en témoigne, les inquisiteurs furent souvent un obstacle pour la discipline promue par le Concile de Trente, du fait qu’ils protégeaient leurs collaborateurs, leurs énormes privilèges et crimes.

The theme of the Counter-Reformation was among the most debated by European historiography in the second half of the 20th century. Historians have argued how the Roman Church managed to overcome the deep crisis of the early sixteenth century by proposing a new model of Christian, who must be orthodox, educated, purified and more attentive to the evangelical mission. The article aims to partially deconstruct this classical thesis, by discussing largely unpublished documentation from the Congregation of the Holy Office. The proposed case is that of the Inquisition of Malta, where there was one of the most important tribunals of this ecclesiastic institution. The analysis of the documents shows how the inquisitors, in agreement with the Inquisitorial Congregation, spent most of their time protecting their collaborators, who were very often criminals, not orthodox, offenders of the orthopraxy and contrary to morality. The Holy Office used its large staff to challenge the authority of civil and religious institutions, by guaranteeing to the employees extraordinary fiscal, judicial, military, political and spiritual privileges. Paradoxically, as the Maltese example testifies, the inquisitors often became an obstacle for the discipline proposed at the Council of Trent, by protecting their collaborators and their privileges.