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Este artículo investiga las transformaciones que las ciencias de Dios, del alma y de la mente en el Sistema figurativo del conocimiento humano, así como en el comentario explicativo que Diderot publicó en el Prospectus de la Encyclopédie, sufrieron en su reanudación en el volumen I. Tomado prestado de Bacon pero también de Chambers, el árbol enciclopédico presenta un esquema convencional que la clasificación epistemológica de las tres ciencias subvierte, según la «explicación detallada» de los redactores, al asimilarlas a la pneumatología, que trata de seres abstractos que Diderot consideraba «vacíos de sentido».