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En el cerebro, se representan dos aspectos del cuerpo, y sus representaciones son diferentes. La diferencia más importante es que las zonas del cerebro relacionadas con estos dos aspectos del cuerpo están asociadas a aspectos diferentes de la conciencia. Por decirlo de forma esquemática, los mecanismos del tronco cerebral derivados del cuerpo autónomo están asociados a la conciencia afectiva, y los mecanismos corticales derivados del cuerpo sensoriomotor están asociados a la conciencia cognitiva. Además, la parte superior del tronco cerebral es intrínsecamente consciente, mientras que la corteza no lo es; su conciencia deriva de la actividad del tronco cerebral. Estos hechos tienen importantes implicaciones para la metapsicología psicoanalítica, ya que el tronco cerebral superior (y sus estructuras límbicas asociadas) realiza las funciones que Freud atribuía al ello, mientras que la corteza (y sus estructuras cerebrales anteriores asociadas) realiza las funciones que él atribuía al yo. Esto significa que el ello es la fuente de la conciencia y el yo en sí mismo es inconsciente. La base de estas conclusiones, y algunas de sus implicaciones, se discuten aquí de forma preliminar.