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Signal phylogénétique

Par : Type de matériel : TexteTexteLangue : français Détails de publication : 2018. Ressources en ligne : Abrégé : Toute espèce choisie aléatoirement a tendance à ressembler plus à une espèce étroitement apparentée qu’à une troisième espèce moins proche. Cette observation a été formalisée sous le nom de signal phylogénétique. Dans cet article, je décris la succession de méthodes qui ont été utilisées au fil des années dans mon aire d’expertise, l’ostéohistologie, pour tester et quantifier le signal phylogénétique : les Random Tree-Length Distributions, les régressions sur des matrices de distance, les Phylogenetic Eigenvector Regressions, le Cmean d’Abouheif, le λ de Pagel et le K de Blomberg. L’utilisation de méthodes avec modèle permet de préciser le concept intuitif de signal phylogénétique évoqué cidessus. Dans le cas du λ de Pagel et du K de Blomberg, le signal phylogénétique pourrait être défini comme une distribution de valeurs phénotypiques qui ne diffère pas de celle attendue sous un modèle d’évolution brownien. Ces méthodes permettent de tester des hypothèses concernant les mécanismes d’évolution à partir des patrons de variation phénotypique observésAbrégé : Species tend to be more similar to closely related species than to more distantly related ones. This observation has been formalized under the expression “phylogenetic signal”. In this paper, I deal with the successive methods used in my discipline, osteohistology, to test and quantify the phylogenetic signal: the Random Tree-Length Distributions, the Regressions on Distance Matrices , the Phylogenetic Eigenvector Regressions, Abouheif ‘s Cmean, Pagel’s λ and Blomberg’s K. Using methods based on evolutionary models allow more precise definitions of the phylogenetic signal concept. In the case of Pagel’s λ and Blomberg’s K, the phylogenetic signal could be defined as a distribution of phenotypic values that does not differ from that expected under a Brownian motion model. Thoses methods allow testing hypotheses dealing with evolutionary mechanisms using observed patterns of phenotypic variation.
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Toute espèce choisie aléatoirement a tendance à ressembler plus à une espèce étroitement apparentée qu’à une troisième espèce moins proche. Cette observation a été formalisée sous le nom de signal phylogénétique. Dans cet article, je décris la succession de méthodes qui ont été utilisées au fil des années dans mon aire d’expertise, l’ostéohistologie, pour tester et quantifier le signal phylogénétique : les Random Tree-Length Distributions, les régressions sur des matrices de distance, les Phylogenetic Eigenvector Regressions, le Cmean d’Abouheif, le λ de Pagel et le K de Blomberg. L’utilisation de méthodes avec modèle permet de préciser le concept intuitif de signal phylogénétique évoqué cidessus. Dans le cas du λ de Pagel et du K de Blomberg, le signal phylogénétique pourrait être défini comme une distribution de valeurs phénotypiques qui ne diffère pas de celle attendue sous un modèle d’évolution brownien. Ces méthodes permettent de tester des hypothèses concernant les mécanismes d’évolution à partir des patrons de variation phénotypique observés

Species tend to be more similar to closely related species than to more distantly related ones. This observation has been formalized under the expression “phylogenetic signal”. In this paper, I deal with the successive methods used in my discipline, osteohistology, to test and quantify the phylogenetic signal: the Random Tree-Length Distributions, the Regressions on Distance Matrices , the Phylogenetic Eigenvector Regressions, Abouheif ‘s Cmean, Pagel’s λ and Blomberg’s K. Using methods based on evolutionary models allow more precise definitions of the phylogenetic signal concept. In the case of Pagel’s λ and Blomberg’s K, the phylogenetic signal could be defined as a distribution of phenotypic values that does not differ from that expected under a Brownian motion model. Thoses methods allow testing hypotheses dealing with evolutionary mechanisms using observed patterns of phenotypic variation.

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