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Les méthodes phylogénétiques comparatives (PCM) sont devenues au cours de la dernière décennie une discipline majeure de la systématique et de la biologie de l’évolution, et un nombre croissant de publications dans ces domaines est consacré à l’application de ces méthodes à des problématiques liées à la systématique. Toutefois, la plupart de ces publications n’incluent pas d’informations relatives aux raisons ayant motivé le choix d’une méthode particulière, ni sur les conditions d’application de cette méthode dans un contexte statistique, ce qui peut rendre les différentes étapes de son utilisation difficile à appréhender pour les néophytes. Cet article présente une introduction pratique à deux des méthodes les plus utilisées en PCM, les moindres carrés généralisés phylogénétiques et l’analyse de variance phylogénétique, au moyen d’un exemple concret issu d’une publication récente sur le sujet. Cet exemple porte sur un jeu de données mesuré sur des coupes histologiques d’os chez un échantillon d’oiseaux actuels, et propose de tester le lien fonctionnel entre microstructure osseuse et type de vol dans un contexte phylogénétique. Les méthodes sont ici décrites étape par étape, et leurs conditions d’application et « pièges » classiques à éviter dans ce contexte sont également abordés, afin de fournir un aperçu complet de ces procédures et de leur utilisation.

Phylogenetic comparative methods (PCM) have become a major field of research in systematics and evolutionary biology over the last decade, and a growing number of publications is now dedicated to the use of those methods in the broader context of systematics. Most of these publications, however, do not include any information to justify the choice of one particular method over another, nor the assumptions of such a method in a statistical context, which may prove difficult for newcomers interested in understanding the different steps of a given procedure. This paper presents a practical introduction to two of the most commonly used PCM – phylogenetic generalized least squares, and phylogenetic analysis of variance – using an example from a recent publication on this subject. This example is based on a dataset of bone histological characters measured on a sample of modern birds, and aims at testing the functional link between bone microstructure and flight type in a phylogenetic context. All methods used here are described in a step-by-step approach, and their assumptions and common “mistakes” to avoid while using them are also described, thus providing a comprehensive first look at these procedures and their applications.