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La lutte contre la diffusion des bactéries multirésistantes aux antibiotiques (BMR) passe par le bon usage des antibiotiques et la prévention de la transmission croisée. En France, cette dernière mesure a été standardisée par plusieurs textes réglementaires concernant les bactéries hautement résistantes et émergentes (BHRe), caractérisées par une résistance génétiquement transférable aux antibiotiques de dernière ligne, un réservoir digestif, et un pouvoir épidémiogène. Les patients potentiellement porteurs doivent faire l’objet de précautions complémentaires de type contact et être dépistés, au risque de générer des patients « contacts » devant à leur tour être dépistés et parfois mis aussi en précautions complémentaires. Concernant le dépistage, le délai d'obtention des résultats des cultures d’échantillons biologiques (écouvillonnages rectaux) sur un milieu sélectif varie de 24 à 48 heures, alors que les techniques par PCR réalisées directement sur ceux-ci permettent d’obtenir un résultat en moins de 2 heures. Les kits commerciaux ciblent parfaitement à ce jour les supports génétiques de la résistance importés en France. Contrairement à leur excellente sensibilité, leur spécificité est imparfaite notamment pour les entérocoques résistants à la vancomycine. Leur automatisation quasi complète permet une réalisation 7 jours sur 7, et au mieux 24 heures sur 24. Comme pour toutes les analyses, leur performance est sensible à la qualité du prélèvement du produit biologique. Utilisées dans le cadre des recommandations officielles, ces PCR ciblant les BHRe sont théoriquement économiquement rentables. L’élargissement de leur panel aux nouveaux microorganismes émergents (Candida auris, Acinetobacter baumannii résistant aux carbapénèmes…) est souhaitable.