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In medicine, virological diagnosis is mainly based on the detection of the viral genome and antigens, or on the identification of specific antibodies produced in response to infection. These strategies are suitable for characterizing an active infection or past contact with an already known virus. The recent development of tests for evaluating the host’s cellular immune response opens new perspectives for personalized patient care based on immunomonitoring. The IGRA tests (Interferon Gamma Release Assay), measuring interferon gamma produced by T lymphocytes stimulated in vitro by antigenic peptides specific to infectious agents, and the quantification of the blood viral load of Torque teno virus (TTV) thus constitute tools for assessing infectious risk, particularly usable to predict opportunistic viral reactivations in immunocompromised patients. The characterization of the expression profile of interferon stimulated genes in a respiratory sample is also likely to provide significant assistance in diagnosis, discriminating a viral infection from a bacterial infection, an acute infection from a persistence of nucleic acids from non replicating microorganisms or allowing, in case of viral emergence, to quickly identify infected subjects in the absence of specific PCR tests available. All of these new approaches, described in this review, have the potential to considerably improve patient care with the objective to correctly prescribe medical virology tests and anti-infective treatments.

En médecine, le diagnostic virologique repose principalement sur la détection du génome et d’antigènes viraux, ou sur la mise en évidence d’anticorps spécifiques produits en réponse à l’infection. Ces stratégies sont adaptées à la caractérisation d’une infection active ou d’un contact passé avec un virus identifié. Le développement récent de tests d’évaluation de la réponse immunitaire cellulaire de l’hôte ouvre de nouvelles perspectives pour une prise en charge personnalisée du patient basée sur la surveillance immunitaire ou immunomonitoring. Les tests IGRA (Interferon Gamma Release Assay), mesurant l’interféron gamma produit par les lymphocytes T stimulés in vitro par des peptides antigéniques spécifiques d’agents infectieux, et la quantification de la charge virale sanguine du virus Torque teno (TTV) constituent ainsi des outils d’évaluation du risque infectieux, notamment utilisables pour prédire les réactivations virales opportunistes chez les patients immunodéprimés. La caractérisation du profil d’expression des gènes stimulés par l’interféron dans un prélèvement respiratoire est également susceptible d’apporter une aide significative au diagnostic, discriminant une infection virale d’une infection bactérienne, une infection aiguë d’une persistance d’acides nucléiques issus de microorganismes sans pouvoir réplicatif ou encore permettant, en cas d’émergence virale, d’identifier rapidement les sujets infectés avant la commercialisation de tests PCR spécifiques. L’ensemble de ces nouvelles approches, décrites dans cette revue, ont le potentiel d’améliorer considérablement la prise en charge des patients dans l’optique d’une juste prescription des examens de virologie médicale et des traitements anti-infectieux.